भारतीय कृषि की अनेक समस्याएं हैं जिनका वर्णन इस प्रकार है —

1. भारतीय कृषि की सम्भवतः सबसे बड़ी समस्या भूमि पर जनसंख्या का भारी दबाव है। देश की अर्जक जनसंख्या का 65 प्रतिशत भाग जीवन निर्वाह के लिए कृषि पर निर्भर तो करता है परन्तु वह देश की कुल आय का 29 प्रतिशत भाग ही जुटा पाता है।
2. देश में अधिकांश जोतें छोटी हैं और उनका वितरण बहुत ही असामान्य है। छोटी जोतें आर्थिक दृष्टि से बड़ी अलाभकारी हैं।
3. वनों और चरागाहों के कम होने के कारण मिट्टी के कटाव के साथ-साथ उनकी उर्वरता बनाये रखने वाले स्रोतों पर भी विपरीत प्रभाव पड़ा है।
4. देश के अधिकांश कृषक अनपढ़ हैं। वे वैज्ञानिक ढंग से फसल चक्र तैयार नहीं कर पाते। इससे मिट्टी की प्राकृतिक उर्वरता कम होती है। इसी तरह गहन कृषि का भी प्राकृतिक उर्वरता पर विपरीत प्रभाव पड़ता है।
5. देश में सिंचाई भी एक समस्या बन गई है। एक ओर जहां राजस्थान, महाराष्ट्र, मध्य प्रदेश, कर्नाटक जैसे बड़ेबड़े राज्यों में सिंचाई सुविधाएं बढ़ाने की आवश्यकता है, वहां पंजाब में सिंचाई साधनों की अधिकता के कारण जलसंतृप्तता (Water logging) तथा लवणता (Salinity) की समस्याएं उत्पन्न हो गई हैं।
6. घटता पूंजी निवेश कृषि की एक अन्य समस्या है। 1980-81 में जहां यह निवेश 1769 करोड़ था, वहां 1990-91 में यह घटकर 1002 करोड़ रुपए रह गया। परन्तु इसके बाद से इस निवेश में निरन्तर वृद्धि हो रही है।
7. उन्नत किस्म के बीजों को विकसित करने में भी नाममात्र प्रगति हुई है।
8. फसलों की किस्मों की विभिन्नता का अभाव तथा धीमी वृद्धि दर भी भारतीय कृषि की एक गम्भीर समस्या है।
   सच तो यह है कि सरकार का कृषि क्षेत्र पर कड़ा नियन्त्रण है और वह कृषि उत्पादनों के मूल्यों पर भी नियन्त्रण रखती है। कृषक वर्ग को इतनी अधिक सुरक्षा प्रदान नहीं की जाती जितनी कि उद्योगों तथा विभिन्न सेवाओं में लगे लोगों को प्रदान की जाती है।