एकहरा लेखा प्रणाली की मर्यादाएँ (Limitations of Single Entry System) :

• सकल तलपट तैयार नहीं किया जा सकता : इस प्रणाली में अमुक व्यवहारों की एक असर तो अमुक व्यवहारों की दो असर दी जाने से सकल तलपट तैयार नहीं किया जा सकता, तथा गाणितिक रूप से हिसाबों की सत्यता की जाँच नहीं हो सकती ।
• लाभ या हानि जानने में कठिनाई : इस प्रणाली में उपज-खर्च खाता बनाया न जाने से लाभ या हानि को जाना नहीं जा सकता।
• व्यावसायिक निर्णय लेने में कठिनाई : इस प्रणाली में जानकारियाँ आधी-अधूरी होती है । जिससे व्यावसायिक निर्णय जैसे : लोन । प्राप्त करना, बीमा लेना, व्यवसाय की खरीदशक्ति तय करना वगैरह परिस्थितियों में अपूर्ण जानकारी के कारण निर्णय लेने में कठिनाई उपस्थित होती है ।
• विश्वसनीयता : बैंक, बीमा कंपनीयाँ, सरकारी विभाग या इन्कमटैक्स विभाग अपूर्ण जानकारी होने से इस प्रणाली को विश्वासपात्र नहीं गिनती ।
• वार्षिक हिसाब बनाने में कठिनाई : इस पद्धति में न तो सकल तलपट बनाई जाती है और न ही संपत्ति के खाते रख्ने जाने से वार्षिक हिसाब बनाना संभव नहीं होता । जिससे व्यवसाय की आर्थिक परिस्थिति का सही और योग्य ख्याल प्राप्त नहीं किया जा सकता ।
• व्यवसाय के संचालन संबंधी निश्चित जानकारी का अभाव : इस प्रणाली में प्राप्त जानकारियाँ अपूर्ण होने से व्यवसाय के संचालन में उपयोगी सूचनाएँ प्राप्त नहीं हो पाती, जिससे व्यवसाय के संचालन में कठिनाई होती है ।
• भूल, गोलमाल या हिसाबी घोटाला की संभावनाएँ : इस प्रणाली में द्विनोंधी नामा पद्धति के अनुसार हिसाब तैयार न किये जाने से हिसाबों में भूल, गोलमाल या घोटालों की संभावनाएँ अधिक रहती है ।