ई-कोमर्स में सुरक्षा की बात सबसे महत्त्वपूर्ण होती है । इसमें तीन प्रकार की जोखिमें होती है ।

(1) व्यवहार की जोखिम
(2) जानकारी की जोखिम
(3) बौद्धिक सम्पत्ति और गुप्त माहिती की जोखिम

(1) व्यवहार के जोखिम के सामने सुरक्षा : ओन लाईन व्यवहार में अनेक जोखिम होती है । इसलिए खाते के पंजियन के समय योग्य पहचान व पते की जाँच करना तथा ग्राहक को व्यवस्थित रूप से स्थापित वेबसाईट से ही क्रय करना चाहिए ।

(2) माहिती संग्रह की जोखिम के सामने सुरक्षा/सलामती : महत्त्वपूर्ण माहिती कई लोग स्वार्थी हेतु से अथवा केवल आनन्द लेने के उद्देश्य से चोरी या बदल सकते है । इसके उपरांत ‘वायरस’ या हेकिंग शब्द से आप सभी परिचित होंगे ही । वायरस एक कम्प्यूटर प्रोग्राम है । वायरस कम्प्यूटर सिस्टम में अपनी नकल उत्पन्न करते है और माहिती को नुकसान पहुंचाता है । वायरस स्क्रीन पर समस्या उत्पन्न करते है, कम्प्यूटर कार्य में रुकावट डालते है, निर्धारित माहिती की फाईल को नुकसान या सम्पूर्ण सिस्टम को नुकसान पहुंचा सकते है । ऐसी समस्या के समाधान के लिए ऐन्टी वायरस सोफ्टवेर का उपयोग होता है ।

(3) बौद्धिक सम्पत्ति और गुप्तता की जोखिम के सामने सुरक्षा : इन्टरनेट यह खुल्ला मंच है । एक बार कोई माहिती/जानकारी इन्टरनेट पर रख देते है अर्थात् यह सार्वजनिक हो जाती है । ओन लाईन व्यवहार करते समय दी जानेवाली जानकारी – जैसे कि ई-मेईल, पता, फोन नम्बर, बैंक खाता का नम्बर, पासवर्ड, इसके अलावा धन्धे की बहुत-सी माहिती गोपनीय रखना अनिवार्य होता है । इस प्रकार की माहिती का दुरुपयोग होने की पूरी की पूरी सम्भावना रहती है । इसलिए समय-समय पर अपने पासवर्ड को बदलते रहना चाहिए ।